1948 m. Jonynas viešai sukritikavo studento, komunisto F. Levitaco darbą “Lietuvos komunistų partijos kova prieš fašistų valdžią 1934 – 1936 m.” Jonyno kritinės pastabos susilaukė griežto atsako. Istorikas universiteto taryboje buvo apkaltintas buržuaziniu nacionalizmu. Taryboje Jonynas apgailestavo dėl padarytų ideologinio pobūdžio “klaidų.” Tai padėjo istorikui išsaugoti akademinę poziciją Vilniaus universitete. Dokumentas gerai apibūdina dramatišką profesionalaus istoriko, intelektualo situaciją stalinizmo laikais.