Sąjūdžio laikotarpiu Lietuvoje steigėsi nemažai patriotinių organizacijų, kurios turėjo saitus dar su ankščiau egzistavusiomis anti-sovietinėmis ar nesovietinėmis grupėmis.  Viena iš tokių buvo surinkti, tirti ir viešinti informaciją apie sovietinio režimo nusikaltimus. Nevyriausybinės organizacijos studijavo stalinizmo nusikaltimus ir Lietuvos partizanų pasipriešinimą sovietinei okupacijai.  1992 m. Lietuvos parlamentas įsteigė Genocido ir rezistencijos tyrimo centrą, kuris turėjo koordinuoti ir remti šių organizacijų veiklą. 1993 m. ši organizacija buvo reorganizuota į Lietuvos gyventojų  genocido ir rezistencijos tyrimo centrą, susidedantį iš dviejų dalių: Lietuvos genocido ir rezistencijos tyrimo instituto ir Lietuvos genocido aukų atminimo instituto. Jo direktoriumi paskirtas buvęs aktyvus anti-sovietinis disidentas ir politinis kalinys Vytautas Skuodis. 1997 m. Lietuvos genocido ir rezistencijos tyrimo centras buvo išplėstas į jo sudėtį įtraukus Lietuvos represijų tyrimo centrą, kuris savo veiklą dar nuo 1992 m. vykdė Lietuvos filosofijos, sociologijos ir teisės institute ir Lietuvos genocido aukų muziejų, kuris veikė nuo 1992 metų.