Lietuvos ypatingasis archyvas įkurtas 1995 metais, prieš tai veikusios Lietuvos archyvų departamento Specialiųjų archyvo bylų darbo grupės pagrindu. Jis sudarytas iš trijų skyrių: sovietinių KGB dokumentų, Komunistų partijos dokumentų ir Vidaus reikalų ministerijos dokumentų departamento.