Darbo grupė įkurta 1993 metų birželio 25 dieną, Lietuvos vyriausiojo archyvaro iniciatyva. Grupės vadovas buvo dr. Arūnas Bubnys, kuris buvo paskirtas Lietuvos archyvų departamento direktoriaus (šiandien Lietuvos vyriausiojo archyvaro) Gedimino Ilgūno. Bubnys suformavo grupės komandą, kuri vėliau 1995 metais tapo Lietuvos ypatinguoju archyvu.